Terletak di ujung timur pulau Timor, taman ini mencakup 125.600 hektar, terdiri dari daerah daratan seluas 68.000 hektar berupa dataran rendah dan hutan tropis; dan daerah lautan seluas 55.600 hektar, bagian dari kawasan Segitiga Terumbu Karang. Taman nasional ini juga menghubungkan area-area yang penting bagi konservasi burung yaitu Loré, Gunung Paitchau, Danau Ira Lalaro, dan Pulau Jaco, diidentifikasi melalui survei biologis dilakukan oleh BirdLife International setelah Timor Leste merdeka pada tahun 2002, yang meliputi 25.000 hektar dari keseluruhan taman.[1][4]
Terdapat enam desa di dalam taman nasional ini, termasuk Com, Tutuala, Mehara dan Muapitine, sedangkan Malahara adalah sebuah dusun. Ditemukan beberapa bekas permukiman yaitu Mua Mimiraka, Lo Chami, dan Lori Lata. Pemukiman bertembok ditemukan di Tutuala, Lori Lata, Lopomalai, Ili Mimiraka, Mua Mimiraka, dan Tutun (Tutunca'u).
Hutan dataran rendah yang lembap dan hutan evergreen yang terdapat di area perbukitan adalah jenis vegetasi di taman tersebut, terpisah dari tanah berawa di Danau Ira Lalaro. Daun kering yang berguguran, hutan rawa dan vegetasi pantai juga menggambarkan keberagaman flora di taman nasional ini.[5]
